Στο πλαίσιο των επιχειρησιακών ευρωπαϊκών προγραμμάτων «Κοινωνία της Πληροφορίας» και «Ψηφιακή Σύγκλιση», η Ε.Π.Μ.Α.Σ. και ο «Όμιλος Φίλων της Ε.Π.Μ.Α.Σ» επιχορηγήθηκαν για να υλοποιήσουν το πρόγραμμα που εισήγαγε το Μουσείο στη νέα ψηφιακή εποχή. Στο πλαίσιο αυτού του προγράμματος η Ε.Π.Μ.Α.Σ απέκτησε ένα ολοκληρωμένο σύστημα ψηφιακής διαχείρισης των συλλογών της.