Η Εθνική Πινακοθήκη-Μουσείο Αλεξάνδρου Σούτζου είναι Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου και διοικείται από εννεαμελές Διοικητικό Συμβούλιο με τριετή θητεία. Ο Διευθυντής, που έχει την ευθύνη του καλλιτεχνικού και μουσειολογικού προγραμματισμού, επιλέγεται από τον Υπουργό Πολιτισμού με πενταετή θητεία. Το Μουσείο διαθέτει τρεις διευθύνσεις: α) τη Διεύθυνση Συλλογών, β) τη Διεύθυνση Διοικητικού-Οικονομικού και γ) τη Διεύθυνση Συντήρησης, με τρεις διευθυντές επικεφαλής. Το Μουσείο έχει περίπου 100 υπαλλήλους μόνιμους και έκτακτους. Μισθοί και ανελαστικές δαπάνες λειτουργίας καλύπτονται από κρατική επιχορήγηση. Έσοδα από κληροδοτήματα καλύπτουν συγκεκριμένες ανάγκες: π.χ. το κληροδότημα Σούτζου καλύπτει μόνο κτιριακές δαπάνες, εμπλουτισμό της βιβλιοθήκης και αγορές παλαιών έργων τέχνης (οι δημιουργοί πρέπει να έχουν αποβιώσει τριάντα χρόνια πριν). Προτάσεις για αγορές υποβάλλει η πενταμελής καλλιτεχνική επιτροπή, που συγκροτείται από τον Διευθυντή και τέσσερα μέλη του Δ.Σ. με την εγγύτερη σχέση με το αντικείμενο.

Διευθύντρια
Μαρίνα Λαμπράκη-Πλάκα

Διεύθυνση Συλλογών, Καλλιτεχνικού και Μουσειολογικού Προγραμματισμού
Έφη Αγαθονίκου

Διεύθυνση Διοικητικού-Οικονομικού


Διεύθυνση Καλλιτεχνικής Συντήρησης και Αποκατάστασης Έργων Τέχνης
Μιχάλης Δουλγερίδης

Διοικητικό Συμβούλιο
Πρόεδρος 
Απόστολος Μπότσος

Αντιπρόεδρος
Έλλη Σούτζου-Βαρότσου

Τακτικά Μέλη
Παναγιώτης Αριστείδης Θωμόπουλος
Εμμανουέλα Βασιλάκη
Αθανάσιος Κοκκινέας
Χρήστος Μποκόρος
Όλγα Μεντζαφού
Παναγιώτης Τουρνικιώτης
Αντώνης Κομνηνός