Μετά την αποχώρηση του Δημήτρη Παπαστάμου, από τον Νοέμβριο του 1989 χρέη Διευθύνουσας Συμβούλου άσκησε η προϊσταμένη της Διεύθυνσης Λαϊκού Πολιτισμού του υπουργείου Πολιτισμού Μαίρη Μιχαηλίδου. Τον Απρίλιο του 1990 κατέλαβε τη θέση του διευθυντή, στην οποία παρέμεινε ως τις 14 Ιουνίου 1991.

Στη διάρκεια της θητείας της η Μαίρη Μιχαηλίδου οργάνωσε μερική επανέκθεση των μονίμων συλλογών του μουσείου με έργα του 19ου αιώνα. Οργανώθηκαν ακόμη αναδρομικές παρουσιάσεις του έργου κυρίως Ελλήνων, αλλά και ξένων καλλιτεχνών.

Μετά την αποχώρηση της Μαίρης Μιχαηλίδου χρέη διευθυντή άσκησε η προϊσταμένη της Διεύθυνσης Συλλογών, Καλλιτεχνικού και Μουσειολογικού Προγραμματισμού της Εθνικής Πινακοθήκης Νέλλη (Ελπινίκη) Μισιρλή, παραμένοντας στη θέση αυτή έως τον Ιανουάριο του 1992. Ήδη από το καλοκαίρι του 1991 η θέση είχε προκηρυχθεί και από τις 17 Ιανουαρίου 1992 τη διεύθυνση της Εθνικής Πινακοθήκης ανέλαβε η ιστορικός τέχνης και καθηγήτρια στην Ανωτάτη Σχολή Καλών Τεχνών Μαρίνα Λαμπράκη-Πλάκα.