1. Κτηριολογική, μηχανολογική και μουσειολογική αναδιαμόρφωση των εσωτερικών χώρων της Ε.Π.Μ.Α.Σ.
  2. Νέα παρουσίαση μονίμων συλλογών στους ανακαινισμένους χώρους του μουσείου (Εγκαίνια 11 Δεκεμβρίου 2000). Χρηματοδότηση : Εθνικοί πόροι, Β΄ Κ.Π.Σ., Ίδρυμα "Σταύρος Σ. Νιάρχος"
  3. Επέκταση και εκσυγχρονισμός των κτηριακών εγκαταστάσεων.
  4. Εξοπλισμός του εργαστηρίου συντήρησης με σύγχρονα ηλεκτρονικά συστήματα υψηλής τεχνολογίας σε συνεργασία με το Ίδρυμα Τεχνολογίας Έρευνας του Πανεπιστημίου Κρήτης και με την υποστήριξη ευρωπαϊκών προγραμμάτων.