- Κτηριολογική, μηχανολογική και μουσειολογική αναδιαμόρφωση των εσωτερικών χώρων της Ε.Π.Μ.Α.Σ.
- Νέα παρουσίαση μονίμων συλλογών στους ανακαινισμένους χώρους του μουσείου (Εγκαίνια 11 Δεκεμβρίου 2000). Χρηματοδότηση : Εθνικοί πόροι, Β΄ Κ.Π.Σ., Ίδρυμα "Σταύρος Σ. Νιάρχος"
- Επέκταση και εκσυγχρονισμός των κτηριακών εγκαταστάσεων.
- Εξοπλισμός του εργαστηρίου συντήρησης με σύγχρονα ηλεκτρονικά συστήματα υψηλής τεχνολογίας σε συνεργασία με το Ίδρυμα Τεχνολογίας Έρευνας του Πανεπιστημίου Κρήτης και με την υποστήριξη ευρωπαϊκών προγραμμάτων.